Alain Aubert entre dans l’Éducation nationale comme enseignant certifié en génie mécanique productique en 1990 et enseigne en lycée dans les départements de la Seine-et-Marne et de la Marne. Il se spécialise en microtechniques et intervient en section de technicien supérieur durant une dizaine d’années.

En 2006, il obtient le concours de personnel de direction et occupe différents postes, d’adjoint et chef d’établissement en collège et en lycée dans la Marne et les Ardennes. 

En 2016, il coordonne la politique de l’éducation prioritaire de l’académie de Reims en tant que proviseur vie scolaire.

Nommé conseiller technique Etablissements et vie scolaire en 2017, il accompagne les chefs d’établissement confrontés à des situations complexes. Il participe activement au développement de la lutte contre le harcèlement en déployant un programme de formation à la méthode de la préoccupation partagée et structure les équipes académiques de la laïcité.

Après avoir été directeur de cabinet durant deux ans au rectorat de Reims, il rejoint le Var en juin 2020 en tant que directeur académique adjoint. Il est alors membre du trinôme académique dans le cadre du partenariat avec les armées et supervise la mise en place du SNU. Il a également en charge le pilotage du pôle des politiques territoriales, anime à ce titre les quatre cités éducatives du département et assure la prise en compte des territoires ruraux en installant notamment un Espace Jeunesse Service dans le Haut-Var.

Il est nommé DASEN de la Meuse en février 2023.