Professeure agrégée de Lettres classiques depuis 1991, Fabienne Blaise a poursuivi sa carrière dans l'Enseignement supérieur à l'Université de Lille 3 SHS.

Maître de conférence de 1995 à 2007, puis professeure de langue et littérature grecques à partir de 2007, elle a dirigé les UMR "Savoirs et textes", puis "Savoirs, Textes, Langage", de 2002 à 2008, et la Maison européenne des sciences de l'homme et de la société de 2008 à 2012.

Elle est élue présidente de l’université Lille 3 Sciences humaines et sociales en 2012, réélue en 2016, jusqu'à la fusion des 3 universités lilloises (2017).

Vice-présidente de la commission recherche de la Conférence des présidents d'université (CPU) de 2012 à 2016, elle est élue en 2017 vice-présidente de la CPU.

En 2014, elle est chargée par la Ministre (puis secrétaire d'Etat) de l'Enseignement supérieur et de la Recherche d'une mission sur les "disciplines rares".

Elle est nommée rectrice de l'académie de Grenoble en avril 2018.

Fabienne Blaise est également membre du Haut conseil de l'éducation artistique et culturelle et chevalier de la Légion d'Honneur.